Una de las características relevantes del SEIA en Chile, es que la comunidad afectada por un proyecto, sólo puede ejercer dos derechos, el informativo y el consultivo. De este modo las observaciones y opiniones de la comunidad no tienen carácter resolutivo.

· Informativo: Imponerse de los contenidos de los estudios y documentos que le acompañan.

· Consultivo: Formular observaciones al estudio de impacto ambiental. Si estas observaciones no hubieren sido consideradas por la autoridad, las personas u organizaciones que las hayan formulado podrán presentar un recurso de reclamación.

Según CONAMA, la participación ciudadana es un proceso de comunicación en dos direcciones que ocurre entre la autoridad ambiental y los actores involucrados (titular del proyecto y ciudadanía), donde existe la posibilidad real de la ciudadanía de influir en el proceso de toma de decisiones. El sentido o propósito de la participación ciudadana es mejorar ambientalmente los proyectos que ingresan al SEIA, a través de la consideración de las opiniones, preocupaciones e inquietudes de la ciudadanía expresadas en observaciones y, finalmente, en las medidas de mitigación, reparación o compensación ambiental.

La obligación de la autoridad ambiental respecto de esta participación en el proceso de evaluación ambiental, se centra en “ponderar” las observaciones que formulen las organizaciones ciudadanas y las personas natu­rales directamente afectadas por el proyecto en evaluación. Como procedimiento en el desarrollo de esa función, la autoridad envía un resumen consolidado de las observaciones que la ciudadanía plantea, obligando al titular a extenderse en aspectos que eventualmente no tienen nada que ver con el proyecto en cuestión. 

Los proyectos que deberán someterse al SEIA, en general poseen, una gran complejidad ambiental y, potencialmente, una alta conflictividad. En esta línea, la participación directa y temprana de quienes se verán afectados por los eventuales impactos ambientales de los proyectos que se evaluarán, contribuirá al menos en los siguientes aspectos:

· Mejorará la legitimidad y la calidad de las decisiones de administrativas asociadas a su aprobación, modificación o rechazo.

· La participación ciudadana organizada puede ser un factor clave en la prevención y manejo de conflictos ambientales futuros.

Pero enfrentar los riesgos inherentes al hecho de abrir las compuertas de la expresión de los intereses de las comunidades afectadas, pueden ser un asunto complejo, ya que aunque esta participación otorga un mayor grado de sustentabilidad social a las decisiones que se tomen sobre los proyectos, a la vez que significan una forma de profundización de la democracia. Así, cuando hablamos de participación ciudadana, hablamos de involucrar en distintos grados posibles a las comunidades locales en los procesos de decisiones ambientalmente que les son relevantes, involucrándose en la definición de que impactos ambientales se estudiaran, y que mecanismos se emplearán para estudiarlos. De este modo, la filosofía de la participación ciudadana es controlar las externalidades; disminuir las injusticias y los costos asociados a ella; constituir el principio precautorio; y la fiscalización del Estado entre otros. 

Ahora bien, desde el punto de vista de la legitimación activa para participar en el Sistema de Evaluación de Impacto Ambiental, antes que los efectos nocivos de los proyectos ambientales se produzcan, los Organismos No Gubernamentales (ONGs) o las organizaciones con personalidad jurídica, si pueden participar previamente, por ejemplo a través de la interposición del recurso de protección, en que se con ocasión del caso de celulosa Arauco Valdivia y Trillium se reconoció la “legitimación activa remota” para cualquier chileno de accionar de protección ante cualquier proyecto que se considere atentatorio. Si bien es cierto en el último tiempo diferentes fallos de los tribunales de justicia han establecido que el Recurso de Protección no es la vía idónea para realizar una revisión técnica de los proyectos, este sigue siendo un vehículo utilizado en la práctica por una serie de organismo ciudadanos con personalidad jurídica.