Con la promulgación y publicación de la Constitución de 1833, se inaugura una nueva etapa en la historia del Congreso Nacional. Sin embargo, a comienzos de esta etapa, las sesiones del Congreso siguen un camino paralelo. Así, el 1 de junio de 1831, el Congreso comenzaría su tercer periodo legislativo, meses antes que asuma como Presidente de la República Joaquín Prieto Vial, quien ocupa la presidencia el 18 de septiembre de 1831, gobernando por diez años (1831-1841).

Compuesto en su mayoría por conservadores, el Congreso había planteado desde sus primeras sesiones la necesidad de modificar la Constitución de 1828, por ello el 21 de junio de 1831, se dictó que la fórmula de establecer una nueva Carta Fundamental –fuertemente presidencialista-, que se promulgó el 25 de mayo de 1833, y que regiría al país hasta 1924.El Congreso Nacional mantuvo su carácter bicameral, con un Senado compuesto por 20 miembros elegidos indirectamente a través de electores, permaneciendo en sus funciones durante 9 años y con la posibilidad de ser reelegidos indefinidamente. La Cámara de Diputados, en cambio, se elegía por votación directa en razón de 1 diputado por cada 20.000 habitantes, para ser renovados cada 3 años.

De esta forma, el Congreso Nacional comenzó a regirse durante el cuarto período legislativo (1834 – 1837), por la Carta Fundamental de 1833.

Así, luego de atravesar una coyuntura histórica marcada por la inestabilidad en sus primeras dos décadas, el funcionamiento del Congreso Nacional ingresará a un ciclo de mayor estabilidad.

Con los gobiernos conservadores (1831-1861), el uso frecuente de los estados de excepción y las facultades extraordinarias por parte del Presidente de la República, limitarán la iniciativa parlamentaria en materia legislativa. Un ejemplo que grafica las facultades extraordinarias del Presidente, se produce durante las elecciones parlamentarias de 1837, realizadas bajo estado de excepción, debido a los preparativos de la guerra contra la Confederación Perú - Boliviana, y que significaron la suspensión del funcionamiento regular de las instituciones. El Congreso Nacional funcionó así varias veces durante 1837 y permaneció clausurado durante todo el año siguiente (aunque sí sesionó la Comisión Conservadora del Senado).

Luego de la jornada de Yungay, el 20 de enero de 1839, que derrotó la Confederación Perú - Boliviana, el ejecutivo declaró restablecido el régimen constitucional y suspendidas las facultades extraordinarias. En adelante los periodos legislativos se sucedieron hasta 1891: sexto período legislativo (1 de junio de 1840 - 31 de mayo de 1843), séptimo período legislativo (1 de junio de 1843 - 31 de mayo de 1846), octavo período legislativo (1 de junio de 1846-31 de mayo de 1849), noveno período legislativo (1 de junio de 1849 - 31 de mayo de 1852), décimo período legislativo (1 de junio de 1852 - 31 de mayo de 1855), undécimo período legislativo (1 de junio de 1855 - 31 de mayo de 1858), duodécimo período legislativo (1 de junio de 1858 - 31 de mayo de 1861), decimotercer período legislativo (1 de junio de 1861 - 31 de mayo de 1864), decimocuarto período legislativo (1 de junio de 1864 - 31 de mayo de 1867), decimoquinto período legislativo (1 de junio de 1867 - 31 de mayo de 1870), decimosexto período legislativo (1 de junio de 1870 - 31 de mayo de 1873), decimoséptimo período legislativo (1 de junio de 1873 - 31 de mayo de 1876), decimoctavo período legislativo (1 de junio de 1876 - 31 de mayo de 1879), decimonoveno período legislativo (1 de junio de 1879 - 31 de mayo de 1882), Vigésimo Período Legislativo (1 de junio de 1882 - 31 de mayo de 1885), vigésimo primero período legislativo (1 de junio de 1885 - 31 de mayo de 1888), vigésimo segundo período legislativo (1 de junio de 1888 - 31 de mayo de 1891).

Sin embargo, respecto a las funciones y atribuciones del Poder Legislativo, estas se van transformando históricamente hasta 1891.

De esta forma, en una primera etapa (1831-1861) el Presidente llegó a ejercer el poder sin mayores contrapesos, no es menos cierto que el Congreso administraba algunas herramientas que le concedían ciertas cuotas de poder, eso sí, con una serie de prerrogativas que en cierto modo limitarían esas facultades. En primer lugar, era el Congreso el que aprobaba la posibilidad de otorgar al Presidente las Facultades Extraordinarias, claro que, aunque el Congreso estuviese en receso, el Presidente y el Consejo de Estado podían decretar Estado de Sitio en provincias específicas, lo que estaba sujeto a la aprobación posterior del Congreso, que en la práctica nunca fue rechazado. En ambos casos, todas las libertades civiles quedaban suspendidas.

En otro caso, una mayoría de dos tercios tanto en el Senado como en la Cámara de Diputados, podía anular un veto presidencial, aunque sólo en las sesiones del año siguiente del veto. Por otro lado, las enmiendas constitucionales fueron hechas deliberadamente engorrosas, por lo que si un Congreso encontraba artículos específicos reformables, sólo el Congreso siguiente podía votar para enmendar la Constitución. El parlamento también recibió el poder para votar las denominadas "Leyes periódicas", las cuales incluían la ley de presupuesto, que tenía que ser aprobado cada año, más la de impuestos y el mando militar, los cuales debían ser votados cada dieciocho meses.

Dentro de los hechos de importancia de aquellos años, no se puede dejar de mencionar la redacción del Código Civil, la cual había sido encomendada por el gobierno al intelectual venezolano Andrés Bello, quien tras ardua labor culminó su trabajo, el que fue aprobado por el Congreso Nacional el 14 de diciembre de 1855.

En las elecciones generales para la renovación del Congreso de 1864, los liberales obtendrán un triunfo de gran trascendencia; cuarenta y nueve escaños en la Cámara para la Fusión Liberal - Conservadora (treinta y siete liberales y doce conservadores), los vencidos de ayer pasaron a ser los vencedores. Llegaba también por primera vez al parlamento, la representación de un nuevo grupo político, los radicales, integrada por cinco diputados.

El 27 de julio de 1865, bajo el mandato de Pérez, se dictó la ley que interpretó el artículo 5° de la Constitución, el cual va a permitir a quienes no profesaban la religión católica, apostólica, Romana, la práctica de su culto dentro de edificios de propiedad particular. Por otro lado, también permitía a los disidentes fundar y sostener escuelas privadas, para la enseñanza de sus propios hijos en las doctrinas de sus religiones.

Pocos años después se comenzaron a implementarse algunas reformas constitucionales, dentro de las que se encuentra la eliminación de la posibilidad de reelección inmediata de los Presidentes, lo que constituyó la primera enmienda aplicada a la Constitución de 1833, tras treinta y ocho años de aplicación, aprobada el 8 de agosto de 1871. Desde ese momento la duración en el cargo de Presidente quedó limitada a cinco años.

Ya bajo el mandato presidencial de Federico Errázuriz Zañartu (1871-1876), se incorporaron otras modificaciones importantes a la Constitución de 1833, entre las que se encuentran la promulgada el 4 de septiembre de 1873 y que bajó el quórum requerido para el funcionamiento de los cuerpos legislativos, dando así más facilidades, agilidad (e influencia) a la labor parlamentaria. El 13 de agosto de 1874, se incluyó en el texto constitucional las libertades de reunión, asociación sin permiso previo y la libertad de enseñanza. Otra reforma constitucional, promulgada ese mismo día, modifica la composición y la forma de elección de los miembros de la Cámara de Diputados y del Senado, sus inhabilidades e incompatibilidades.

El 24 de octubre de 1874, se promulgó la enmienda constitucional que limitaba las posibilidades del ejecutivo de decretar estados de excepción (entre ellos el "estado de sitio") agregando también límites a la posibilidad de otorgar al Presidente de la República, facultades legislativas extraordinarias. En 1882 nuevas modificaciones se agregaban a la Constitución de 1833, como la que permite a la Cámara de Diputados, presentar propuestas de cambio a la Constitución, requiriendo la presencia de todos sus miembros para aprobar alguna moción. En otro aspecto el Presidente de la República, ve limitada su atribución de veto ante alguna disposición del Congreso, quedando su papel relegado a proponer solamente modificaciones o correcciones. Con las anteriores reformas constitucionales se buscaba disminuir las atribuciones del Presidente de la República, aumentando la actividad y protagonismo del Congreso, con tal de poner término al autoritarismo y acentuar los derechos individuales, todo ello conforme a la orientación de quienes criticaban el régimen político heredado desde los tiempos de Diego Portales.

Es importante señalar, que durante el gobierno de José Joaquín Pérez (considerado como de transición entre la etapa conservadora y liberal), las prácticas parlamentarias, llámese leyes periódicas, interpelaciones a los ministros de Estado, votos de censura, obstrucciones y otras, pasaron a ser una constante en la vida política del Congreso Nacional, proviniendo estos acosos no sólo desde el sector político Liberal, sino que desde todos los grupos que tenían una representación importante en el Congreso y que se encontraron en la oposición del ejecutivo en determinado momento (conservadores, radicales, nacionales).

Durante el primer gobierno quinquenal, que representó Federico Errázuriz Zañartu (1871 - 1876), se aprueba la reforma electoral, del 19 de noviembre de 1874, la cual agrega nuevas disposiciones a la ley electoral. Por ejemplo, quita a las municipalidades, que entonces dependían directamente del ejecutivo, el control de las elecciones para confiarlas a las Juntas de Mayores Contribuyentes. La reforma electoral de 1874 fue complementada en 1888 y 1890. Durante el gobierno de Errázuriz Zañartu, se aprobaran otras misivas de importancia, como una nueva ley de imprenta (17 de julio de 1872), que vino a reemplazar la ley de 1842, abriendo nuevas libertades en materia de impresos. Posteriormente fue promulgado el Código Penal, el 12 de noviembre de 1874, en conjunto con el Código de Minería.

En 1876 llegará a la presidencia Aníbal Pinto Garmendia, apoyado por la Alianza Liberal, su triunfo fue alcanzado por un amplio margen de sufragios, el mismo camino hacia la presidencia recorrió su sucesor, Domingo Santa María (1881-1886), el cual fue igualmente apoyado por la Alianza Liberal. Existe un hecho que va a cruzar los periodos de gobierno de ambos Presidentes anteriormente señalados, la Guerra del Pacifico (1879-1883), en ambos periodos, a pesar de estar presente un conflicto bélico, la labor parlamentaria no fue suspendida, desarrollándose durante todo ese periodo de manera normal.

En esos años el Congreso aprobaba la ley educacional de 1879, obra de Miguel Luis Amunátegui. Esta ley organizará la enseñanza secundaria y superior, además de crear el Consejo de Instrucción Pública, que estuvo en vigencia hasta fines de la década de 1920. Pero sin lugar a dudas, que dentro de las leyes más relevantes aprobadas por el Congreso Nacional en esos años, se encuentran las denominadas "Leyes Laicas", las cuales claramente tenían como fin, limitar o terminar con la influencia que ejercía la Iglesia Católica sobre la sociedad chilena.

El 2 de agosto de 1883, la Cámara aprobó la ley de cementerios laicos, y al siguiente año, el 16 de enero de 1884, se despachaba desde el Congreso la ley de matrimonio civil. Esta disposición, aprobada por la mayoría liberal - radical del Congreso, eliminó la facultad que tenía la Iglesia Católica de ser la encargada de consagrar legalmente la institución del matrimonio. A través de esta ley, solo se reconocía como matrimonios legales los celebrados por el Estado, restándole esta función a la Iglesia. Finalmente, el 16 de julio del mismo año, se aprobaba la ley de registro civil, la cual establecía que fuesen funcionarios del Estado, los encargados de llevar el registro de los nacimientos, matrimonios y defunciones, con completa independencia de los registros parroquiales.

En las elecciones presidenciales de 1886, el candidato de la coalición Liberal - Nacional, Senador José Manuel Balmaceda, alcanzaba la presidencia de manera unánime al no existir contendor. Balmaceda ratificaba el apoyo a su gobierno, en las elecciones parlamentarias de 1888, en donde los candidatos de gobierno obtuvieron 109 escaños de un total de 123, correspondientes a la Cámara de Diputados. En el Senado el triunfo fue aún más decidor, ya que la oposición conservadora obtuvo sólo un escaño.

A pesar de tener un Poder Legislativo afín, esto no se tradujo en un apoyo total hacia la gestión de su gobierno, ya que Balmaceda, por su visión de gobierno fue víctima de las mismas prácticas parlamentarias que él utilizó cuando era congresista, es decir interpelaciones, presión por la aprobación de las leyes periódicas, votos de censura, entre otras herramientas.

Un ejemplo de ello, lo demuestra la rotación ministerial que se produjo en trece ocasiones durante su gobierno. Balmaceda fue poco a poco perdiendo el apoyo del Congreso, a medida que avanzaba en su idea de gobierno, lo cual ira cimentando el camino del conflicto entre el Ejecutivo y el Legislativo, detonando éste a fines de su periodo presidencial.

En junio de 1890, se censuraba por parte de la Cámara de Diputados, al Ministro del Interior Enrique Salvador Sanfuentes, quien resolvió no volver a presentarse ante el Congreso y mantenerse en sus funciones ministeriales. Frente a esta medida de desacato, la Cámara, aplazó la aprobación de la Ley de contribuciones, mientras que el Senado en la misma actitud se negaba a discutir la Ley de presupuestos. Ante la presión del Congreso, el Arzobispo Casanova, logró un acuerdo entre el Legislativo y el Ejecutivo, mediante el compromiso por parte de la Cámara de Diputados de aprobar la ley de contribuciones y de Balmaceda de aceptar un nuevo gabinete que fuese encabezado por Belisario Prats. Este acuerdo duró algunos meses, ya que el choque entre Prats y Balmaceda, hizo renunciar al Ministro, lo que conllevó al Presidente de la República a nombrar un nuevo gabinete, a esas alturas faltando aún la aprobación del presupuesto de 1891.

El 1 de enero de 1891, se declaran inconstitucionales mutuamente el Congreso y el Presidente Balmaceda, ante la imposibilidad de gobernar sin presupuesto, y con la firma de todos sus ministros declaró que, "al no haber sido despachada por el Congreso, la ley de presupuesto, se mantendría la del año anterior". Ante este hecho la oposición responde con un Manifiesto, en el cual desconocen las facultades del Presidente y acusan su actitud inconstitucional. El presidente Balmaceda, declara entonces la clausura del Congreso Nacional el 11 de febrero de 1891, aunque prontamente llamó a un Congreso Constituyente, que funcionó entre el 15 de abril de 1891 y el 18 de agosto de 1891.

Este enfrentamiento político-institucional da paso a na guerra civil, en que el Congreso Nacional apoyado por la Armada, se alzarán con el triunfo tras cruentos combates en el norte y centro del país, con lo cual se inicia una nueva etapa en la historia del Congreso en Chile.