Desde el golpe de Estado del 11 de septiembre de 1973, se instaura un régimen autoritario dirigido por una Junta Militar, estableciéndose una ruptura radical del sistema democrático. Dicha Junta Militar estuvo integrada en un comienzo por el general Augusto Pinochet Ugarte, Comandante en Jefe del Ejército, general Gustavo Leigh Guzmán, Comandante en Jefe de la Fuerza Aérea, almirante José Toribio Merino Castro, Comandante en Jefe de la Armada, y por el general César Mendoza Durán, General Director de Carabineros, gobernando ininterrumpidamente el país hasta el 11 de marzo de 1990.

Este régimen provocó varias transformaciones en la composición y funciones del Poder Legislativo, experimentando una reestructuración inédita en sus ciento sesenta y dos años de vida republicana que llevaba hasta ese momento. Gran parte de estas transformaciones, están fundamentadas en el carácter refundacional que asumió el régimen autoritario.

En primer lugar, debe señalarse que la Junta Militar asumió el poder Ejecutivo, Legislativo y Constituyente, gobernando vía decretos leyes que se consideraban como “normas modificatorias” de la Constitución Política de 1925, la cual quedó suspendida parcialmente. Esto, sin duda, modificaba el entramado institucional que regía el país desde hace varias décadas.

En segundo lugar, la Junta dictó medidas concretas de naturaleza radical. Entre otras, promulgó el Decreto Ley N° 27, del 24 de septiembre de 1973, que disolvió el Congreso Nacional y estableció el cese de las funciones de los parlamentarios; el Decreto Ley N°77, del 13 de octubre de 1973, que declaró ilícitos y disolvió los partidos políticos de izquierda, entre ellos el Comunista, Socialista, Unión Socialista Popular, Movimiento de Acción Popular Unitario, Radical, Izquierda Cristiana, Acción Popular Independiente, y son consideradas “asociaciones ilícitas”. Además, el 24 de septiembre de 1973, designó una comisión encargada de preparar un anteproyecto de una nueva Constitución Política –llamada Comisión Ortúzar-, la que quedó oficializada por el Decreto N° 1.064, del Ministerio de Justicia, del 25 de octubre de 1973. Esta última Comisión realizó 417 sesiones, reuniendo un material documental que se acerca a las 9.000 páginas.

En definitiva, la Junta Militar –considerada como una instancia colegiada compuesta por los cuatro máximos jefes de las Fuerzas Armadas, más sus auditores y asesores- reemplazó al Congreso Nacional en el ejercicio de la función legislativa, desde el 11 de septiembre de 1973 hasta el 11 de marzo de 1990. Se interrumpieron a su vez la vigencia de los períodos legislativos, que habían tenido una regularidad más o menos estable desde el año 1828.

La Junta Militar estableció un intensivo método de trabajo, reuniéndose periódicamente a razón de dos o tres veces por mes, legislando sobre las más diversas materias del acontecer nacional y registrando su labor en las llamadas Actas de la Junta de Gobierno.

La composición de la Junta –y por tanto del Poder Legislativo- atravesó ciertos cambios durante los diecisiete años de régimen autoritario. Un primer cambio se verifica el 24 de julio de 1978, cuando la Junta de Gobierno destituyó al general Gustavo Leigh Guzmán, debido a conflictos de poder con el general Augusto Pinochet, quien se transformó rápidamente en el hombre fuerte del régimen. En reemplazo de Leigh, asumió como miembro de la Junta el general Fernando Matthei Aubel, quien se mantuvo hasta el final del régimen militar.

Un segundo cambio en la composición de la Junta de Gobierno se verificó desde el 11 de marzo de 1981, fecha en que comienza a regir la Constitución Política de 1980, principal obra política-institucional del régimen. Desde ese día, el general Pinochet asume como Presidente de la República por un mandato por ocho años, dejando de pertenecer formalmente a la Junta Militar. En su reemplazo, fue designado el general de ejército de mayor antigüedad. De este modo, formaron parte de la Junta Militar los Tenientes Generales César Benavides (1981-1985), Julio Canessa Robert (1985-1986), Humberto Gordon Rubio (1986-1988), Santiago Sinclair (1988-1990) y Jorge Lucar Figueroa (1990).

Un tercer cambio en la composición de la Junta Militar, se produjo el 2 de agosto de 1985. Debido en parte a las responsabilidades de Carabineros de Chile en casos de represión política, el general César Mendoza Durán presentó su renuncia a la Dirección de dicha institución, siendo reemplazado por el general Rodolfo Stange, que en consecuencia pasó a ser miembro de la Junta Militar.

Por último, el cuarto cambio de integrantes de la Junta, se suscitó el 8 de marzo de 1990, pocos días antes del retorno a la democracia. En esa oportunidad, el Comandante en Jefe de la Armada, Almirante José Toribio Merino, fue sucedido por Jorge Martínez Busch.

En sus diecisiete años de gobierno, la acción legislativa de la Junta Militar se concretó en la dictación de una cantidad importante de decretos leyes y leyes, en consonancia con su propósito de realizar un gobierno refundacional, estableciendo un nuevo modelo económico e institucional. Al respecto, pueden destacarse varias iniciativas.

En el aspecto económico-social, se destaca el Decreto Ley Nº 3.500, del 13 de noviembre de 1980, que establece un nuevo sistema previsional, pasando desde uno de reparto al de capitalización individual, y el Decreto Ley Nº 2.200 del 15 de junio de 1978, con el cual se dio inicio al Plan Laboral, modificando las relaciones entre empleadores y trabajadores, así como la actividad sindical. Estas dos iniciativas transformaron dos pilares del desarrollo social y laboral chileno.

A nivel político, la actividad legislativa de la Junta Militar se orientó, por una parte, al diseño de un modelo de "democracia protegida" consagrado en la Constitución de 1980, y por otro, a plantear un camino institucional de retorno a la democracia. De esta forma, a partir del año 1985 se dictan una serie de leyes Orgánicas Constitucionales en la materia: 15 de noviembre de 1985 se dictó la Ley N°18.460, que estableció el Tribunal Calificador de Elecciones (TRICEL), organismo clave del sistema electoral que opera en Chile desde 1988. Complementando esta labor, el 1 de octubre de 1986 se dicta la Ley N° 18556, que establece el Sistema Electoral y Crea el Servicio Electoral, y el 6 de mayo de 1988 se publicó la Ley N° 18.700, sobre Votaciones Populares y Escrutinios, la que establece procedimientos para la preparación, realización, escrutinio y calificación de los plebiscitos y de las elecciones de Presidente de la República y parlamentarios, además de establecer y regular las Juntas Electorales, entre otras funciones.

Con la derrota del General Agusto Pinochet en el plebiscito del 5 de octubre de 1988, en que la ciudadanía se pronunció en contra de que siguiera ocupando el cargo de Presidente de la República por los siguientes ocho años, se inició el camino hacia el restablecimiento del Congreso Nacional como institución depositaria del Poder Legislativo, estableciéndose de forma definitiva el 11 de marzo de 1990.