Nació en Santiago el 9 de mayo de 1829 donde fue bautizado como Federico Gregorio Nacianceno José Ignacio Francisco del Carmen. Hijo de Ambrosio Aldunate Carvajal y Carmen Palacios Urrutia. Hermano de los diputados Agustín Aldunate Palacios y Luis Aldunate Carrera.
Casado en Santiago el 16 de septiembre de 1863 con Catalina Lizardi Urmeneta, y tuvieron dos hijos.
Fue diputado propietario por Itata, período 1873 a 1876. Integró la Comisión Permanente de Elecciones, Calificadora de Peticiones.
Diputado propietario por Caupolicán, período 1882 a 1885. Integró la Comisión Permanente de Negocios Eclesiásticos.