Nació en Santiago, Chile, el 11 de enero de 1828. Su padre fue el ex diputado José Domingo Amunátegui Muñoz y su madre, Carmen Aldunate Irarrázabal. Hermano del ex diputado y senador Manuel Amunátegui Aldunate.

Se casó con Rosario Solar Valdés. Tuvieron tres hijos.

Sus primeros estudios los realizó en el seno de su familia, ingresando más tarde al Instituto Nacional. Con tan solo 18 años ya había terminado los estudios de humanidades y lo nombraron profesor de Latín en el Instituto Nacional, impartiendo más tarde, Filosofía y Literatura en otros establecimientos. Por esa misma época aparecieron sus primeras obras literarias.

El Gobierno lo nombró Oficial en la Oficina de Estadística, lo que le permitió sostener a su familia. Antes de participar en política, además de dedicarse a la docencia, ocupó su tiempo en las letras y en el estudio de la Historia,

En 1847, con 19 años de edad, ganó un concursó en el Instituto Nacional para ocupar una de las cátedras de Humanidades.

Alcanzó reconocimiento de la comunidad académica de la época con su obra "La Reconquista española : 1814-1817", premiada por la Universidad de Chile. En esa misma Universidad pasó a formar parte de la Facultad de Filosofía y Humanidades. Su obra "La dictadura de O’Higgins" le dió una gran notoriedad. Siguiendo con sus investigaciones históricas publicó "Los Precursores de la Independencia de Chile". Entre sus obras más importantes se cuenta el libro que aclaró los derechos chilenos sobre la Patagonia y también el libro "La cuestión de límites entre Chile y Bolivia", 1864. En sus trabajos intelectuales tenía una marcada tendencia por las biografías y las investigaciones históricas.

Antonio Varas, que era ministro de Relaciones Exteriores, le encomendó una misión diplomática de la más alta importancia: un escritor italiano que vivía en Argentina, publicó en 1852 un folleto cuyo título era "Memoria histórica sobre los derechos de soberanía y dominio de la Confederación Argentina a la parte austral del continente americano, contenida entre las costas del océano Atlántico y la gran cordillera de Los Andes, desde la boca del río de La Plata hasta el Cabo de Hornos, incluso la isla de los Estados, la Tierra del Fuego y el Estrecho de Magallanes en toda su extensión". La Comisión Oficial Chilena tuvo como misión refutar aquel folleto basándose estrictamente en los documentos coloniales. En 1853 presentó al ministro Varas su libro "Títulos de la República de Chile a la soberanía y dominio de la extremidad austral del continente americano". Dos años más tarde reforzó sus argumentos con una repetición de la memoria publicada en Buenos Aires, por el doctor Dalmacio Vélez Sarsfield, sobre los títulos del gobierno de Chile a las tierras del Estrecho de Magallanes. Con esto terminó la discusión y no volvió a disputarse la soberanía de Chile en la región magallánica. Esta actuación, le permitió la entrada a las esferas oficiales y a los consejos de la alta política. Se le dio el puesto de jefe de sección del ministerio de Instrucción Pública.

Fue ministro del Interior y Relaciones Exteriores desde el 13 de noviembre de 1868 hasta el 2 de agosto de 1870 durante el gobierno de Federico Errázuriz Zañartu. Nombrado Ministro de Justicia, Culto e Instrucción Pública, el 18 de septiembre de 1876; cargo que ocupó hasta el 5 de agosto de 1878, en el gobierno de don Aníbal Pinto. Siendo ministro de Justicia, Culto e Instrucción Pública, fue subrogante de Hacienda el 16 de enero a febrero de 1877 y subrogante de Guerra y Marina, desde el 23 de enero hasta el 5 de febrero de 1878. Ministro de Relaciones Exteriores y Colonización desde el 20 de agosto de 1879 hasta julio de 1880. Siendo ministro de Relaciones Exteriores y Colonización, fue también subrogante de Justicia, Culto e Instrucción Pública desde 13 de octubre hasta el 19 de noviembre de 1879. Ministro de Relaciones Exteriores, Culto y Colonización desde el 28 de junio de 1887 hasta el 25 de enero de 1888, y como tal, fue de Interior subrogante del 28 al 30 de diciembre de 1887.

Su gran pasión por la educación lo llevó a fundar la Sociedad de Instrucción Primaria, junto a Benjamín Vicuña Mackenna y Domingo Santa María; desde donde defendió con mucha fuerza la idea de que las mujeres podían ser admitidas a rendir exámenes varios en la Universidad de Chile, para optar a títulos profesionales, en igualdad de condiciones que los hombres. Murió en Santiago de Chile, el 22 de enero de 1888.