Hijo de J. Sánchez Covarrubias y Rosa Alfaro.
Se casó con María Isabel Costa.
Participó en el combate de Membrillar en 1814, en el paso del río Maule, en Tres Montes de Gajardo y en el río Lircay.
Tomó parte en dos acciones de guerra en Quechereguas, 1814.
Participó en la batalla de Rancagua, en 1814, como ayudante mayor, teniendo bajo su mando a los soldados de la trinchera norte. Después fue trasladado a Mendoza.
Luchó en la batalla de Chacabuco en 1817, en Cancha Rayada en 1818 y en Maipú en 1818 en las filas de los Cazadores de Los Andes.
Ascendió a teniente coronel graduado en agosto de 1820.
Se incorporó al ejército libertador del Perú y luchó en el desastre de Torata.
Se retiró con el grado de coronel.
Fue director interino de Chile por 24 horas en 1825, del 7 al 8 de octubre (primer gobierno de Ramón Freire).
Diputado propietario por Cauquenes en el Congreso Nacional, Segundo Periodo Legislativo, 1º de agosto-6 de noviembre de 1829; fue vicepresidente de la Cámara, 20 de octubre de 1829; optó por Cauquenes, habiendo sido también electo diputado propietario por Santiago. Integró la Comisión Permanente de Guerra.
Diputado suplente por Vallenar, periodo 1831-1834. Pero se anuló la elección hecha en Vallenar, que llevó a la Cámara a José Gaspar Marín como propietario y a José Santiago Sánchez como suplente. Se procedió a repetirla, confirmándose al propietario y eligiendo para suplente a otro señor, Ignacio Valdés Larrea.
Falleció el 22 de noviembre de 1839, en la chacra llamada "El Coronel" cerca de Santiago.