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Nació en Quillota, Chile; hijo del ingeniero español don Francisco de Benavides y de la señora Javiera de Mujica.

Profesó en la Orden de San Agustín en 1802 y al año siguiente enseñó gramática latina en el Convento de Santiago, y filosofía en 1807. Fue primer definidor en 1819 y presidente de capítulo en 1823; debió secularizar al año siguiente, porque obtuvo en concurso la Parroquia de Puchuncaví, que sirvió hasta 1836, año en que renunció.

Durante la guerra de la independencia, siendo religioso agustino, sirvió de capellán en el ejército chileno y debió obtener el grado de coronel. Combatió con gran heroísmo, en la Batalla de Maipú, el 5 de abril de 1818.

Fue electo diputado propietario por Quillota, en el Congreso Nacional Constituyente de 1826, 4 de julio de 1826-22 de junio de 1827; vicepresidente del Congreso, 4 de abril al 4 de mayo de 1827. Integró la Comisión Permanente Eclesiástica. Trabajó por defender a la ciudad de Quillota, de las crecidas del río Aconcagua.

El 2 de enero de 1839 abrió un colegio de niños, en la calle de las Monjitas en Santiago, el cual debió durar poco tiempo, porque en 1846 ya había vuelto a residir en la Parroquia de Puchuncaví, donde falleció, el 17 de abril de 1853. Fue sepultado en Puchuncaví y en la lápida se lee "Juan Manuel Benavides cura propietario de la parroquia 17.ABR.1853".