Nació en Santiago, el 1 de enero de 1826. Su padre fue el General de Brigada Fernando Baquedano Rodríguez, participante en la Independencia y en varias guerras del siglo XIX, y su madre, Teresa González Ross.

Inició sus estudios en el Colegio del Clérigo Juan de Dios Romo y más tarde se trasladó al Instituto Nacional.

Proveniente de una familia de tradición militar, ingresó a los 15 años al Ejército y en 1838 habiendo estallado la Guerra contra la Confederación Perú-Boliviana se embarcó al Perú. Fue incorporado a un batallón, alcanzando el grado de teniente a los 16 años. De regreso a Chile pasó a granaderos a caballo, 8 de diciembre de 1846, y el 22 de enero de 1850 ascendió al grado de capitán.

El 8 de diciembre de 1851 combatió contra su padre, que estaba en contra de la ascensión de Manuel Montt como presidente; en la batalla de Loncomilla de la Guerra Civil de 1851. El Presidente Montt lo premió alcanzando el grado de Sargento Mayor de la Escolta del Gobierno, 12 de enero de 1852. Sin embargo fue separado del servicio militar el 22 de abril de 1854. Entonces se dedicó a las labores agrícolas, aunque volvió a la vida militar en 1859.

En 1866 fue ascendido a teniente coronel. Hizo la campaña del Malleco y de Renaico contra los indígenas.

Cuatro años más tarde, en 1870, fue nombrado jefe de la escolta del presidente José Joaquín Pérez y a la vez fue ascendido a coronel. El 10 de mayo de 1876 ascendió a general de brigada y en septiembre del mismo año, a comandante general de armas de Santiago. Participó en la guerra contra Perú y Bolivia en 1879, en la que fue comandante en jefe del ejército chileno en la Guerra del Pacífico. Su actuación en las batallas de Chorrillos y Miraflores fue fundamental. A su regreso del Perú fue ascendido, de general de división a generalísimo del ejército.

Desde el punto de vista político, no firmó los registros de ningún partido, pero tenía vinculaciones con el Partido Conservador.

En las elecciones presidenciales de 1881, fue proclamado candidato a presidente de la República por el Partido Conservador, pero renunció a la candidatura, y fue elegido Domingo Santa María, sin oposición.

El Presidente José Manuel Balmaceda, tras su derrota en la Guerra Civil de 1891, le entregó el poder, pasando a ocupar la jefatura accidental de la República, siendo General de División, entre el 29 al 31 de agosto de 1891, traspando el poder al Jefe de la Junta de Gobierno Jorge Montt Álvarez.

Su labor estuvo especialmente consagrada a la reorganización del ejército y a impulsar la formación de la Academia de Guerra y del Estado Mayor.

Murió en Santiago, el 30 de septiembre de 1897.