Nació en Santiago el 23 de julio de 1785. Hijo de Joaquin Fernández de Pinto y de Mercedes Díaz de la Puente y Darrigrande.

Se casó con Luisa Garmendia Aldunate, y su hijo, Aníbal Pinto Garmendia, fue Presidente de la República entre 1876 y 1881. En tanto, su hija Enriqueta, sería la esposa de Manuel Bulnes Prieto, ex Presidente de la República entre 1841 y 1851.

Sus primeros estudios los realizó en el Real Colegio Carolino. Su inclinación por el derecho lo llevó a inscribirse en esa carrera en la Real Universidad de San Felipe, alcanzando su título de abogado el 11 de octubre de 1808.

En una primera fase de su actividad se dedicó a las actividades comerciales. A su vez, se incorporó en calidad de oficial en las filas del regimiento de milicias de Santiago.

Hacia 1810, se encontraba en Lima cuando supo de la formación de la Primera Junta de Gobierno. De retorno a Santiago, se le encargó la misión diplomática en Buenos Aires, tras lo cual se trasladó a Inglaterra y a otros países de Europa con la finalidad de captar adherentes a la causa de la Independencia.

En esta misión lo sorprendió, en 1814, la derrota del Ejército patriota en Rancagua ante los españoles, quienes establecieron una reinstauración monárquica en Chile hasta 1817. Durante esta etapa se radicó en Argentina.

En 1820 regresó al país. Fue enviado por el Director Supremo Bernardo O'Higgins al Perú, donde en 1822 y 1823 colaboró a la independencia de dicho país. En 1824 fue nombrado intendente de Coquimbo.

Durante la administración del Director Supremo Ramón Freire Serrano, hacia 1824, fue nombrado ministro de Gobierno y Relaciones Exteriores, desde el 12 de julio al 22 de febrero de 1825; paralelamente, fue ministro de Guerra provisional, del 2 de octubre de 1824 al 22 de febrero de 1825.

En 1827, debido a la renuncia de Agustín Eyzaguirre Arechavala, fue elegido vicepresidente de la República, habiendo sido electo Presidente Ramón Freire Serrano. Freire renunció el 5 de mayo y el Congreso le encargó el poder supremo como Presidente interino, desde el 8 de mayo de 1827 al 17 de julio de 1828.

Luego de eso, reasumió la vicepresidencia de la República, desde el 19 de julio de 1828 al 16 de julio de 1829. En esa calidad, participó en la redacción de la Constitución de 1828, firmó la Constitución propiamente tal, como vicepresidente de la República, el 8 de agosto de 1828.

Como representante del sector pipiolo o liberal, en 1829 fue elegido Presidente de la República y asumió el cargo desde el 19 de octubre al 2 de noviembre de 1829.

Sin embargo, el contexto político e institucional se caracterizó por la inestabilidad. Durante su breve administración estalló la guerra civil entre conservadores y liberales. En el conflicto, las provincias de Concepción y Maule, además del Ejército del Sur, liderado por José Joaquín Prieto Vial, desconocieron la legalidad de las proclamaciones de presidente y vicepresidente que realizó el Congreso Nacional.

Estos factores provocaron su renuncia al cargo, entregando el mando al presidente del Senado Francisco Ramón Vicuña Larraín. El conflicto entre liberales y conservadores terminó con la batalla de Lircay el 17 de abril de 1830, que marcó el triunfo de estos últimos y su posterior hegemonía política que se extendió por tres décadas.

Después de su presidencia y tras el triunfo conservador, se retiró de la política contingente aunque luego fue reintegrado al ejército. En 1841, el Partido Liberal proclamó su candidatura a la presidencia, siendo derrotado por el conservador Manuel Bulnes Prieto. Luego fue electo diputado y senador, llegando a presidir ambas corporaciones.

Murió el 18 de julio de 1858, en Santiago.