Nació el 27 de diciembre de 1858 en Santiago. Hijo de Salvador Sanfuentes Torres, ex diputado, y Matilde Andonaegui González. Tras fallecer su padre en 1860, fue criado por su hermano ex parlamentario Enrique Salvador Sanfuentes Andonaegui, quien era diez años mayor que él.

Se casó el 1 de noviembre de 1885 con Ana Echazarreta Pérez-Cotapos, con quien tuvo cinco hijos.

Cursó sus humanidades en el Instituto Nacional y posteriormente, estudió leyes en la Universidad de Chile. Recibió su título de abogado el 15 de marzo de 1879.

Después de recibirse de abogado, se dedicó a los negocios. Durante la Guerra del Pacífico (1879-1884) se embarcó en buques de la Escuadra chilena participando en varias excursiones en la zona norte del territorio nacional.

Fue miembro del Partido Liberal. En 1891, se integró al Partido Liberal Democrático, colectividad que presidió en varios periodos.

Fue cercano al Presidente José Manuel Balmaceda, hasta la Guerra Civil de 1891, que culminó con el suicidio de Balmaceda y la implantación de un régimen parlamentario.

Luego de la Guerra Civil, permaneció oculto y proscrito tras el triunfo del bando congresista, situación que lo impulsó a retirarse de la política y retomar sus negocios. Recién en 1900, volvió al Senado en representación de la provincia de Valdivia.

A fines de la administración de Federico Errázuriz Echaurren, durante la vicepresidencia de Aníbal Zañartu Zañartu, fue nombrado ministro de Hacienda, entre el 1 de mayo al 3 de octubre de 1901. Durante el ejercicio de su cargo, presentó al Congreso el proyecto de ley que estableció derechos sobre los alcoholes y que posteriormente fue ley. Luego fue ministro de Hacienda durante la administración de Germán Riesco Errázuriz.

A partir de 1906, primero como representante del Senado y luego de la Cámara de Diputados, desempeñó el cargo de Consejero de Estado de cuya corporación ejerció el puesto de vicepresidente.

Por cinco periodos fue consejero de la Caja de Crédito Hipotecario y de la Caja de Ahorros. Tras el fallecimiento de Eulogio Altamirano Aracena, ejerció por cerca de un año la dirección general de la Caja.

Para las elecciones presidenciales de 1915, se presentó como candidato apoyado por los partidos de la Coalición que reunió a conservadores, liberales-democráticos y nacionales. Fue electo presidente después de una estrecha lucha con su opositor, Javier Figueroa Larraín. Sucedió en el poder a Ramón Barros Luco y tomó posesión del mando supremo del país el 23 de diciembre de 1915, por el periodo constitucional 1915-1920.

Su gobierno se vio marcado por una elevada rotación de ministros, producto de la crisis del sistema parlamentario imperante en la época. Debido a lo anterior, durante su periodo formó quince gabinetes, donde sesenta y ocho ministros asumieron las distintas carteras.

Además, tuvo que resolver rápidamente sobre la posición de Chile frente a la Primera Guerra Mundial (1914-1919). Mantuvo al país en el plano neutral, no obstante las poderosas relaciones que mantenía Chile con Europa, especialmente en el plano comercial y financiero con Estados Unidos, Inglaterra y Francia. En 1919, ya finalizado el conflicto, el país ingresó a la Liga de las Naciones, organismo internacional creado por el Tratado de Versalles el 28 de junio de 1919.

Asimismo, aprobó la Ley de Instrucción Primaria Obligatoria, el 26 de agosto de 1920, que aseguró la gratuidad de la educación primaria fiscal para toda la población e introdujo su obligatoriedad. Además, se construyeron numerosas escuelas públicas, se promulgó la ley que dio vida a la Universidad de Concepción y se construyó el Instituto Agrícola, la Dirección General de Especies Valoradas y el Instituto Nacional de Criminología.

Durante su gobierno, el país vivió una creciente agitación y descontento, principalmente del movimiento obrero, que derivó en violentas represiones. En el ámbito económico, el país mantuvo la línea de su antecesor, Ramón Barros Luco, salvo con respecto al aumento de los impuestos y la negativa al alza de la deuda pública.

En 1920, entregó el mando a Arturo Alessandri Palma, triunfador en las elecciones presidenciales.

Murió el 16 de julio de 1930, en Santiago.