Nació en Santiago, el 4 de diciembre de 1835; hijo del ex diputado y ex senador, don Francisco de Borja García Huidobro Aldunate y de Rita Eyzaguirre Larraín. Hermano de los ex diputados Francisco de Borja y Carlos.
Se casó con Jesús Pérez Flores y en segundo matrimnio, con Luz, hermana de Jesús e hijas del ex presidente don José Joaquín Pérez Mascayano.
Estudió Leyes y se recibió de abogado en 1859; pero se dedicó preferentemente a las actividades agrícolas en su hacienda de San Vicente en Los Andes. Y en sociedad con sus hermanos, instaló algunas industrias en Panquehue y Catemu.
Fue electo diputado suplente por Putaendo, período 1861-1864; no consta que se haya incorporado.
Electo diputado propietario por Los Anders, período 1870-1873.
Electo diputado propietario por Los Andes, período 1888-1891. No se incorporó hasta el 30 de agosto de 1888. Integró la Comisión Permanente de Negocios Eclesiásticos.
En 1891 fue partidario de Balmaceda; luego reorganizó el Partido Liberal Democrático en la provincia de Los Andes.
Fue electo senador por Aconcagua, en el Congreso Constituyente de 1891, 15 de abril-18 de agosto de 1891. No se incorporó; el 17 de agosto se dió cuenta de una nota en que se excusaba de su inasistencia.
Reelecto senador por Aconcagua, período 1894-1900; electo por seis años, por Acuerdo adoptado por el Senado en Sesión de 1° de septiembre de 1893.
Muríó repentinamente en Santiago, el 15 de abril de 1897, en el ejercicio de sus funciones parlamentarias.