Nació en el año 1837; hijo del ex diputado y ex senador, don Francisco de Borja García Huidobro Aldunate y de Rita Eyzaguirre Larraín. Hermano del ex diputado Francisco de Borja Segundo, y del ex diputado y ex senador, Francisco Javier.
Se casó con Adriana Espic Bustos y tuvieron descendencia.
Estudió en el Instituto Nacional. Luego estudió Matemáticas, Astronomía, e Ingeniería en Minas, graduándose en 1860; y finalmente se tituló de Ensayista General, el 30 de agosto de 1865.
Fue autor de diversos trabajos científicos publicados en los Anales de la Universidad.
Como ingeniero, se dedicó especialmente a impulsar la minería. Fue socio con sus hermanos, Javier y Borja, en diversas fundiciones.
Fue nombrado como ministro diplomático de Chile en Bélgica, año 1876-1877. Y este mismo año obtuvo privilegio para construír un ferrocarril de Chagres a Catemu.
Colaboró durante varios años con artículos científicos en "El Mercurio" de Valparaíso.
Entre otras actividades, fue también historiador.
Fue diputado suplente por Putaendo, período 1870-1873. El 2 de agosto de 1870 se declaró nulas las elecciones que favorecieron a Miguel Elizalde, para propietario por Putaendo, y a Carlos Huidobro, para suplente, atendiendo a haberse presentado un documento que expresaba que el escrutinio no se había verificado. Repetida la elección, favoreció a los mismos candidatos, incorporándose Miguel Elizalde el 13 de septiembre del mismo año. (En otras fuentes se da como suplente el nombre de su hermano Borja 2° Huidobro).
Electo diputado propietario por Putaendo, período 1876-1879; integró la Comisión Permanente de Educación y Beneficencia.
Fue presidente de la Cámara de Comercio de Valparaíso.
En 1877 fue condecorado como Comendador de la Orden de Leopoldo de Bélgica.
Murió en Valparaíso, en 1892.