Nació en Santiago, Chile, en 1817; hijo de Pedro José Prado Montaner y Mercedes Aldunate Irarrázabal.

Se casó con Dolores Amor Prado.

Se desempeñó como industrial y minero; trabajó en las minas de Caracoles, 1870; viajó por Europa y recorrió los países de América.

Fue miembro de la Sociedad de la Igualdad, formada por intelectuales liberales del Siglo XIX.

Contribuyó al Movimiento Revolucionario del 20 de abril de 1851, en el Motín de Urriola.

Fue miembro de la municipalidad de Santiago y cooperó al desarrollo del puerto de Antofagasta.

Viajó a Europa y recorrió los países de América; cuando regresó fomentó grandes negocios e industrias.

Fue electo diputado propietario por "Linares", período 1867-1870; fue diputado reemplazante en la Comisión Permanente de Guerra y Marina.
Hubo dobles poderes: los primeros favorecían a los señores Donoso, Prado y Beuchef, y los segundos, a los señores Guillermo Matta, Jovino Novoa e Isidoro Errázuriz. La Comisión Calificadora propuso aceptar presuntivamente a aquéllos, mientras se procedía a la nueva elección. La Cámara acordó que se procediera a verificarla y que mientras tanto no hubiera diputados presuntivos, rechazando, en consecuencia, todos los poderes presentados.
Cumplida la nueva elección, los favorecidos que se incorporaron fueron, entre otros, don Francisco Prado Aldunate que se incorporó el 8 de agosto de 1867.

Reelecto diputado propietario por "Linares", período 1870-1873.
Participó en el Congreso Constituyente de 1870, cuyo objetivo fue reformas a la Carta Fundamental de 1833.

Electo diputado propietario por "Parral", período 1873-1876; integró la Comisión Permanente de Negocios Eclesiásticos.

Diputado propietario por "Santiago", período 1876-1879; fue diputado reemplazante en la Comisión Permanente de Guerra y Marina.

Reelecto diputado propietario por "Santiago", período 1879-1882; integró la Comisión Permanente de Guerra y Marina.