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Nació en La Serena, en 1772.

Fue un patriota que peleó en las primeras batallas de la Independencia y le prestó valiosos y abnegados servicios a la Patria. Fue uno de los comerciantes más acaudalados de la provincia de Coquimbo, uno de los primeros en comprometerse por sostener la revolución independiente y para ello ayudó a la causa con erogaciones. También hizo préstamos para sostener la causa patriota, y nunca se preocupó de cobrarlos.

Tuvo el grado de capitán y el 14 de julio de 1813 fue nombrado teniente coronel de milicias.

Fue electo diputado por Huasco, en las Asambleas Provinciales de 1823, Asamblea Provincial de Coquimbo, 20 de diciembre de 1822-13 de abril de 1823. (Aparece primero representando a Huasco como diputado, don Jorge Edwards; posteriormente aparece representando a Huasco, José Gregorio Aracena y luego Francisco Sainz de la Peña).

Más tarde, su hijo Pedro José, gestionó las devoluciones de los dineros prestados a la causa patriota, resultando una ley con fecha 19 de octubre de 1861, que reconocía la generosidad de don Gregorio Aracena y disponía en su artículo único : "En atención a los servicios y erogaciones pecuniarias hechos al país por don Gregorio Aracena, se concede por gracia a su hijo don Pedro José Aracena la pensión alimenticia de cien pesos mensuales, que gozará durante sus días".

Dejó de existir en Vallenar, en el año 1835.