Nació en La Serena, el 17 de abril de 1810. Hijo de Luis Álvarez y María de los Dolores Borcosqui.

Sus primeros estudios los hizo en su pueblo, y estudió leyes en la Academia de Derecho en Santiago. Se graduó de abogado el 16 de abril de 1841.

Desde el ámbito político, manifestó oposición a diversos gobiernos, entre ellos al régimen establecido bajo la influencia de Diego Portales Palazuelos, lo que dio lugar a su persecución política.

En 1839 fundó y escribió en el periódico El Diablo Político, contando entre sus colaboradores con José Victorino Lastarria. De esta publicación se editaron 31 números: 24 en Santiago y 7 en Valparaíso. El contenido del periódico provocó la indignación de los sectores conservadores, conocidos como pelucones, y en 1840 por ser su director, fue acusado de sedición. Tras ser condenado por delito de imprenta a una pena de diez años de prisión o destierro, el presidente Manuel Bulnes, ante la gran popularidad de Juan Nicolás Álvarez, se vio obligado a declarar el estado de sitio en Santiago para prevenir eventuales disturbios.

Durante la Revolución de 1851, fue nombrado auditor de guerra del ejército revolucionario. Vencida la insurrección en la batalla de Petorca, el 14 de octubre de 1851, se tuvo que refugiar en Lima, Perú.