Nació en Chillán, Estancia de Mengol, el 12 de marzo de 1832. Hijo de Manuel Lagos Jaraquemada y Rosario Marchant.

Se casó con Juana María de las Mercedes Lagos y tuvieron una hija.

En 1846 ingresó a la Escuela Militar y logró el título de Oficial del Ejército. Acá obtuvo los grados de Cabo 1º de Ejército (1847 a 1848), sargento 1º y 2º (1848), subteniente del Batallón Chacabuco en 1850, teniente en 1851, ayudante mayor en 1852, capitán del batallón 4º de línea (1854), sargento mayor (1856 a 1859, teniente coronel en 1863, teniente de división en la campaña de la Araucanía en 1865, jefe del 4º de Línea en 1866, jefe de las fuerzas estacionadas entre el Bío Bío y el Maullín (septiembre a noviembre de 1867), comandante de Angol y de la línea del Malleco (febrero a mayo de 1868), general interino de la Inspección General del Ejército (diciembre de 1868 y abril de 1869), comandante en comisión del escuadrón Nº2 de Mulchén en 1878, comandante del Regimiento de Santiago (abril de 1879), y comandante general de Armas de Tocopilla (agosto de 1879).

Además, fue promovido a coronel y a jefe del Estado Mayor del Ejército de operaciones, en enero de 1880; fue primer ayudante del general en jefe, Manuel Baquedano, en abril de 1880; Jefe de la 3ra. división del ejército de operaciones de campaña en Lima, en septiembre de 1880; jefe de estado Mayor, en febrero de 1881; general comandante del ejército del Norte, en abril y mayo de 1881; general de brigada, en junio de 1881, y comandante general de Armas de Santiago, en noviembre de 1881.

La carrera militar del general Lagos culminó con el mando del ejército chileno en Lima, para luego ser llamado a Santiago y relegado a la comandancia general de armas.

Fue intendente de Ñuble en 1876; gobernador de Mulchén, desde el 27 de enero de 1879, intendente de Bío Bío en 1879, y primer gobernador de Arica.

Falleció en Concepción por una afección al hígado, el 18 de enero de 1884, en el ejercicio de su cargo de diputado.

Sus restos fueron transportados a Santiago, el 20 de enero de 1884, en el aniversario de la batalla de Yungay. Fue escoltado por comisiones cívicas y militares. Las honras fúnebres del héroe tuvieron lugar esa misma mañana de la partida presidencial, el 21 de enero de 1884, en el templo de la Recoleta Dominicana.