Nació en Chillán, el 16 de agosto de 1798; hijo de José Domingo Amunátegui Aldecoa y de María Mercedes Múñoz Sotomayor.

Se casó en Chillán, con Carmen Aldunate Irarrázaval y tuvieron cuatro hijos.

Empezó su educación en un colegio franciscano del pueblo y durante la reconquista española fue enviado, junto a su hermano Gregorio, al colegio de Santo Toribio en Lima. Después de Chacabuco, ambos hermanos regresaron a Chile. Se incorporó el 11 de octubre de 1817 a la Universidad de San Felipe y estudió primero medicina y después leyes; se recibió de abogado el 7 de abril de 1826.

Para costearse sus estudios, consiguió primero la suplencia de una cátedra de latín en el Instituto Nacional y después la propiedad del mismo empleo, desde 1824 a 1828.

Perteneció al bando de los Pipiolos, que después paso a formar el Partido Liberal.

Secretario de la Junta del CongresoComisión permanente que funcionaría durante el receso del Congreso, conformada por 5 Senadores y 3 Diputados, con el objetivo de velar sobre la observancia de la Constitución y las Leyes. Ver en: Valencia Avaria, Luis (1986) Anales de la República, Editorial Andrés Bello, Santiago, Chile, p. 102., en el I Congreso Nacional, Primer Periodo Legislativo, 6 de agosto de 1828 al 31 de enero de 1829, y en el Segundo Periodo Legislativo, 1 de agosto al 6 de noviembre de 1829, en la Cámara de Senadores.

Fue diputado suplente por Illapel, en reemplazo de José Fermín Solar, en el II Congreso Nacional, Segundo Periodo Legislativo, 1º de agosto - 6 de noviembre de 1829; pero no tuvo ocasión de reemplazar al Diputado propietario.

En 1833 reabrió su bufete de abogado y ejerció su profesión. En 1836 defendió al general Ramón Freire, salvándole de la pena de muerte.

En un tiempo se dedicó también, a la agricultura, junto a uno de sus hermanos.

En 1841 había aceptado el puesto de ministro de la Corte de Apelaciones, cargo que alcanzó a desempeñar cerca de un año.

Murió el 27 de septiembre de 1842.