Artículo 3.- Operación del Fondo. El Fondo registrará sus operaciones en la asignación correspondiente del Programa de Operaciones Complementarias de la Partida 50, Tesoro Público. Su financiamiento provendrá de Ingresos Generales de la Nación (Programa 01), por lo que, de esta manera, los montos máximos de gasto se sujetarán a lo previsto en la legislación vigente y en los decretos que corresponda dictar, de acuerdo con lo prescrito en el decreto ley Nº 1.263, de 1975, Orgánico de Administración Financiera del Estado.
La aplicación de los recursos del Fondo se efectuará a través de asignaciones presupuestarias a los órganos e instituciones públicas que ejecuten las acciones a financiar con estos recursos. Estas asignaciones de recursos se llevarán a cabo de acuerdo al procedimiento sobre modificaciones presupuestarias contemplado en el artículo 26 del decreto ley Nº 1.263, de 1975, y se reflejarán en el presupuesto de las instituciones receptoras, ya sea en las asignaciones especiales establecidas en la Ley de Presupuestos del Sector Público que corresponda, o en cualquier otro programa o asignación presupuestaria ya existente o que se cree al efecto, de acuerdo a lo establecido en el artículo 21 del mismo decreto ley.
Los recursos financieros del Fondo se asignarán a los programas que se creen para la administración y registro presupuestario de las acciones a ser financiadas. En consecuencia, cada uno de estos programas deberá llevar registro financiero del devengamiento de los recursos asignados, conforme a las instrucciones generales o específicas que norman el sistema de contabilidad general de la Nación.
La Tesorería General de la República, en adelante denominada también la "Tesorería", hará las transferencias de fondos a las cuentas que correspondan. Por instrucciones de la Dirección de Presupuestos, los pagos que corresponda efectuar a personal y proveedores de bienes, obras o servicios, así como transferencias destinadas a beneficiarios de los recursos del Fondo, podrán ser realizados directamente por la propia Tesorería.