La presente ley crea el Servicio de Biodiversidad y Áreas Protegidas y el Sistema Nacional de Áreas Protegidas con el objeto de la conservación de la diversidad biológica y la protección del patrimonio natural del país, a través de la preservación, restauración y uso sustentable de genes, especies y ecosistemas. El Servicio será funcionalmente descentralizado, contará con personalidad jurídica y patrimonio propio, y estará sujeto a la supervigilancia del Presidente de la República a través del Ministerio del Medio Ambiente. La administración y dirección superior del Servicio estará a cargo de un Director Nacional, quien será el Jefe Superior del Servicio y tendrá su representación legal. El Director Nacional será designado mediante el Sistema de Alta Dirección Pública. Asimismo, el Servicio se desconcentrará territorialmente a través de Direcciones Regionales del Servicio de Biodiversidad y Áreas Protegidas y en cada región del país habrá un Director Regional. Esta norma otorga instrumentos para la protección y manejo sustentable de humedales, instrumentos para la conservación de especies y su variabilidad genética, crea un Fondo Nacional de la Biodiversidad, y otorga instrumentos económicos de conservación de la biodiversidad. Dentro del Sistema Nacional de Áreas Protegidas se comprende las siguientes categorías de protección: a) Reserva de Región Virgen; b) Parque Nacional; c) Monumento Natural; d) Reserva Nacional; e) Área de Conservación de Múltiples Usos; f) Área de Conservación de Pueblos Indígenas. Cabe señalar que el Servicio podrá otorgar concesiones en áreas protegidas situadas en bienes fiscales sólo para actividades de investigación científica, educación o turismo que requieran la instalación de infraestructura y tengan una duración mayor a un año, por lo que se crea un Comité Técnico de carácter consultivo para apoyar el proceso de otorgamiento de concesiones. De igual modo, las áreas protegidas privadas formarán parte del Sistema Nacional de Áreas Protegidas, contribuyendo con ello a la conservación de la biodiversidad del país. El Servicio fiscalizará el cumplimiento de los planes de manejo de las áreas protegidas, de las obligaciones de los propietarios y administradores de las áreas protegidas privadas, de las obligaciones establecidas en los contratos de concesión, de los permisos otorgados en las áreas protegidas y, en general, de todas las actividades que se desarrollen en éstas. A objeto de ajustar la normativa a la nueva institucionalidad, deroga la ley Nº 18.362, que crea un Sistema Nacional de Áreas Silvestres Protegidas del Estado y realiza una serie de modificaciones a la ley Nº 19.300, sobre Bases Generales del Medio Ambiente.

    Artículo 29.- Sitios prioritarios. Los sitios prioritarios que el Ministerio identifique en el marco de la planificación ecológica serán categorizados como tales bajo criterios técnico-científicos.
    El Servicio mantendrá un registro espacial actualizado de los sitios prioritarios del país, en el marco del sistema de información referido en el artículo 24.
    Los sitios prioritarios podrán ser objeto de uno o más instrumentos para la conservación de la biodiversidad establecidos en la presente ley.
    El Ministerio del Medio Ambiente determinará mediante decreto supremo los sitios prioritarios. Un reglamento dictado por el Ministerio establecerá el procedimiento y los criterios para la declaración de un sitio prioritario, los que deberán contemplar la participación de las comunidades científicas, locales e indígenas y de autoridades locales, regionales y nacionales.
    El reglamento, además, definirá qué se entiende por cambios significativos en las características ecológicas del sitio, que darán lugar a la infracción establecida en el literal a) del artículo 116. En todo caso, se entenderá que las conductas referidas en el artículo señalado producen cambios significativos en las características ecológicas del sitio cuando se alteren las condiciones que hacen posible la presencia y desarrollo de las especies y ecosistemas.