La presente ley crea el Servicio de Biodiversidad y Áreas Protegidas y el Sistema Nacional de Áreas Protegidas con el objeto de la conservación de la diversidad biológica y la protección del patrimonio natural del país, a través de la preservación, restauración y uso sustentable de genes, especies y ecosistemas. El Servicio será funcionalmente descentralizado, contará con personalidad jurídica y patrimonio propio, y estará sujeto a la supervigilancia del Presidente de la República a través del Ministerio del Medio Ambiente. La administración y dirección superior del Servicio estará a cargo de un Director Nacional, quien será el Jefe Superior del Servicio y tendrá su representación legal. El Director Nacional será designado mediante el Sistema de Alta Dirección Pública. Asimismo, el Servicio se desconcentrará territorialmente a través de Direcciones Regionales del Servicio de Biodiversidad y Áreas Protegidas y en cada región del país habrá un Director Regional. Esta norma otorga instrumentos para la protección y manejo sustentable de humedales, instrumentos para la conservación de especies y su variabilidad genética, crea un Fondo Nacional de la Biodiversidad, y otorga instrumentos económicos de conservación de la biodiversidad. Dentro del Sistema Nacional de Áreas Protegidas se comprende las siguientes categorías de protección: a) Reserva de Región Virgen; b) Parque Nacional; c) Monumento Natural; d) Reserva Nacional; e) Área de Conservación de Múltiples Usos; f) Área de Conservación de Pueblos Indígenas. Cabe señalar que el Servicio podrá otorgar concesiones en áreas protegidas situadas en bienes fiscales sólo para actividades de investigación científica, educación o turismo que requieran la instalación de infraestructura y tengan una duración mayor a un año, por lo que se crea un Comité Técnico de carácter consultivo para apoyar el proceso de otorgamiento de concesiones. De igual modo, las áreas protegidas privadas formarán parte del Sistema Nacional de Áreas Protegidas, contribuyendo con ello a la conservación de la biodiversidad del país. El Servicio fiscalizará el cumplimiento de los planes de manejo de las áreas protegidas, de las obligaciones de los propietarios y administradores de las áreas protegidas privadas, de las obligaciones establecidas en los contratos de concesión, de los permisos otorgados en las áreas protegidas y, en general, de todas las actividades que se desarrollen en éstas. A objeto de ajustar la normativa a la nueva institucionalidad, deroga la ley Nº 18.362, que crea un Sistema Nacional de Áreas Silvestres Protegidas del Estado y realiza una serie de modificaciones a la ley Nº 19.300, sobre Bases Generales del Medio Ambiente.

    Artículo 41.- Permiso para la alteración física de humedales. Se prohíbe la alteración física de los humedales que constituyan sitios prioritarios.
    Toda alteración física de otros humedales inventariados requerirá un permiso previo del Servicio. Se entenderá por alteración física la extracción de caudales, extracción de áridos, alteración de la barra terminal, alteración de la vegetación azonal hídrica y ripariana, extracción de cubierta vegetal de turberas, modificación de la superficie de humedales urbanos, entre otros similares.
    Dicho permiso tendrá por objeto asegurar que la alteración física no modifique de manera permanente la estructura y funciones del humedal.