Artículo 6.- La dirección y administración superior del Servicio corresponderá a su Director Nacional. Además, el Servicio contará con un Subdirector Nacional que subrogará al Director Nacional y cumplirá las demás tareas que éste le delegue.
El Servicio se desconcentrará territorialmente a través de direcciones regionales. Corresponderá a los directores regionales dirigir y ejercer las funciones del Servicio en la región y asesorar, en el ámbito de sus competencias, al delegado presidencial regional y a la secretaría regional ministerial de Agricultura respectiva.
El Servicio estará afecto al Sistema de Alta Dirección Pública establecido en el Título VI de la ley Nº 19.882, que regula nueva política de personal a los funcionarios públicos que indica.