Nació en 1814, bautizado el 15 de agosto de 1815 en la Iglesia San Francisco Del Monte, Melipilla. Hijo de Don José Manuel Valdés Bravo de Naveda y Doña Josefa Vigil y Toro Valdés. Hermano del también parlamentario Don Manuel Valdés Vigil.
Se casó en Santiago el 6 de julio de 1849 con su sobrina, Doña María Mercedes Lecaros Valdés, quien fuera hija de Don José Antonio Lecaros Alcalde y doña Rosa Valdés Larrea. De este enlace nacieron cuatro hijos: Florencio, Luis, Elena e Isabel.
Diputado suplente por Caupolicán, período 1849-1852. Se incorporó a la Cámara el 2 de agosto de 1850.
Don José María Valdés Vigil y su esposa se encuentran sepultados en su Mausoleo, ubicado en el Cementerio General de Santiago.